Reproducerea microorganismelor se face în bazinul de activare datorită înărcării cu poluanţi a apei şi datorită introducerii de aer în bazinul respectiv. Miroorganismele se grupeaza in flocoane, iar dacă înărcarea este suficientă, este nevoie de evacuarea unei cantităţi de
flocoane (nămol) din sistem.